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François de COLIGNY

Présentation

Co-animateur avec Yves Dumont du champ thématique transversal MAIA d’AMAP : Mathématiqes Appliquées – Informatique Appliquée

Membre de l’équipe Communauté : Ecologie et diversité des communautés végétales

Co-animateur avec Sébastien Griffon du Thème 14 : Développement logiciel générique pour la modélisation des plantes

Responsable du projet CAPSIS du département INRA EFPA : Croissance d’Arbres en Peuplement avec Simulation d’Itinéraires Sylvicoles – http://www.inra.fr/capsis

Co-porteur avec Sébastien Griffon du projet AMAPstudio d’AMAP : Une suite logicielle générique pour la modélisation de l’architecture des plantes – http://amapstudio.cirad.fr

INRA – UMR AMAP
botAnique et bioinforMatique de l’Architecture des Plantes
Bd de la Lironde TA A-51 / PS2 34398 Montpellier cedex 5
tél : 04 67 61 71 68
fax : 04 67 61 56 68
email : coligny@cirad.fr

Domaines d’intérêts

Conception et développement logiciel, gestion de projets, domaine de la simulation pour les objets plantes et forêt.
  • Méthodes et outils pour la simulation de la dynamique des peuplements forestiers en intégrant les modèles des chercheurs de l’UMR AMAP et d’autres partenaires des universités et instituts de recherche français (INRA, Cirad, Irstea, IRD…) ou étrangers (Québec, Portugal, Belgique, Chine…).
  • Conception et développement de logiciel générique et réutilisable

Enseignements

Activité de formation à destination des scientifiques rejoignant les plateformes techniques Capsis et AMAPstudio : introduction au développement pour accéder au niveau de développeur débutant, pouvant travailler dans un cadre informatique établi ensemble, avec l’assistance d’un informaticien.
  • Formations au langage Java
  • Formations à l’intégration de modèles dans Capsis et dans AMAPstudio

Des formations plénières sont organisées chaque années, mais des formations plus personalisées ont lieu chaque fois que nécessaire pour se conformer aux disponibilités des modélisateurs.

Publications

Publications majeures
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CAPSIS

Capsis est un simulateur de croissance d’arbres en peuplements avec simulation d’itinéraires sylvicoles. Ce logiciel porté par le département EFPA de l’INRA est né en 1994 à l’URFM d’Avignon, il est développé depuis 1999 par l’UMR AMAP de Montpellier.

Il est principalement destiné à faciliter les choix en matière de gestion des peuplements forestiers mais constitue aussi un instrument précieux pour la recherche et l’enseignement. Il traite de la croissance des arbres d’un point de vue forestier : simuler et comparer des scénarios sylvicoles (étapes de croissance ou éclaircie) définis par l’utilisateur : densité initiale, fertilité stationnelle, type et nature des interventions.

Cet outil permet de construire des simulateurs de croissance (pour des plantations équiennes) ou de dynamique forestière (pour des forêt mélangée, avec régénération et mortalité), en s’appuyant sur un environnement technique en place et en bénéficiant de développements partageables, ce qui favorise efficacité et mutualisation. Une charte définit les droits et devoirs des participants, elle précise la part des codes sources distribuables sous licence libre (noyau logiciel, bibliothèques mutualisées) et la part de ceux qui restent la propriété de leurs auteurs (modèles de croissance), le tout étant partagé par l’ensemble des scientifiques participants au projet.

Les modélisateurs forestiers qui souhaitent rejoindre le projet pour transformer leur modèle en simulateur se voient proposer un travail en collaboration : scientifique + informaticien, avec une phase initiale d’accompagnement importante (environ 4 à 10 jours), pour atteindre rapidement une relative autonomie dans les développements avec des outils simples. Cette méthodologie de co-développement comprend également un support technique de long terme, avec des rencontres à la demande pour améliorer le simulateur ensemble.

Publication de référence :

Dufour-Kowalski S., Courbaud B., Dreyfus P., Meredieu C., de Coligny F., 2012. Capsis: an open software framework and community for forest growth modelling. Annals of Forest Science (2012) 69:221–233 pdf

Site web du projet (anglais) : http://www.inra.fr/capsis

AMAPstudio

AMAPstudio est une suite logicielle générique pour la modélisation de l’architecture des plantes. Elle contient des applications pour reconstruire, explorer, analyser et étudier la croissance des plantes d’un point de vue architectural.

Elle s’adresse à des scientifiques et étudiants des disciplines botanique et agronomie.

Publication de référence :

Griffon S., de Coligny F. AMAPstudio: an Editing and Simulation Software Suite for Plants Architecture Modelling. Ecological Modelling, in press, online

Site web du projet (anglais) : http://amapstudio.cirad.fr

 

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