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François de COLIGNY

Présentation

Responsable du projet Capsis du département INRAE Ecodiv : Croissance d’Arbres en Peuplement avec Simulation d’Itinéraires Sylvicoles – http://www.inra.fr/capsis

 

INRAE – UMR AMAP
botAnique et Modélisation de l’Architecture des Plantes et des végétations
TA A-51/PS2, Boulevard de la Lironde
34398 Montpellier Cedex 5 (FRANCE)
tel: 04 67 61 71 68 (phone: +33 467 61 71 68)
mail: francois.decoligny@inrae.fr
paper: AMAP, Univ Montpellier, CIRAD, CNRS, INRAE, IRD, Montpellier, France

Domaines d’intérêts

Conception et développement logiciel, gestion de projets, domaine de la simulation pour les objets plantes et forêt.
  • Méthodes et outils pour la simulation de la dynamique des peuplements forestiers en intégrant les modèles des chercheurs de l’UMR AMAP et d’autres partenaires des Universités et instituts de recherche français (INRAE, Cirad, IRD…) ou étrangers (Québec, Portugal, Belgique, Chine…).
  • Conception et développement de logiciel générique et réutilisable

Capsis : un exemple avec deux projets

Capsis : un scénario sylvicole pour une plantation de cèdres (Francois Courbet, INRAE URFM, Avignon)

Capsis : éclaircie multicritère du projet Samsara2 (forêt naturelle de montagne, Benoit Courbaud, INRAE Lessem, Grenoble)

 

 

 

 

AMAPstudio Xplo : une simulation de palmier avec le modèle Principes

AMAPstudio Simeo : plantation de maquettes 3D AmapSim (Jean-Francois Barczi, Cirad AMAP)

AMAPstudio Scan : corrections manuelles sur une topologie établie par un code automatique sur un nuage de points Lidar terrestre

 

 

Enseignements

Activité de formation à destination des scientifiques rejoignant les plateformes techniques Capsis et AMAPstudio : introduction au développement pour accéder au niveau de développeur débutant, pouvant travailler dans un cadre informatique établi ensemble, avec l’assistance d’un informaticien.
  • Formations au langage Java
  • Formations à l’intégration de modèles dans Capsis et dans AMAPstudio

Des formations plénières sont organisées chaque années, mais des formations plus personnalisées ont lieu chaque fois que nécessaire pour se conformer aux disponibilités des modélisateurs.

Publications

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CAPSIS

Capsis est un simulateur de croissance d’arbres en peuplements avec simulation d’itinéraires sylvicoles. Ce logiciel porté par le département INRAE Ecodiv est né en 1994 à l’URFM d’Avignon, il est développé depuis 1999 par l’UMR AMAP de Montpellier.

Il est principalement destiné à faciliter les choix en matière de gestion des peuplements forestiers mais constitue aussi un instrument précieux pour la recherche et l’enseignement. Il traite de la croissance des arbres d’un point de vue forestier : simuler et comparer des scénarios sylvicoles (étapes de croissance ou éclaircie) définis par l’utilisateur : densité initiale, fertilité stationnelle, type et nature des interventions.

Cet outil permet de construire des simulateurs de croissance (pour des plantations équiennes) ou de dynamique forestière (pour des forêts mélangées, avec régénération et mortalité), en s’appuyant sur un environnement technique en place et en bénéficiant de développements partageables, ce qui favorise efficacité et mutualisation. Une charte définit les droits et devoirs des participants, elle précise la part des codes sources distribuables sous licence libre (noyau logiciel, bibliothèques mutualisées) et la part de ceux qui restent la propriété de leurs auteurs (modèles de croissance), le tout étant partagé par l’ensemble des scientifiques participant au projet.

Les modélisateurs forestiers qui souhaitent rejoindre le projet pour transformer leur modèle en simulateur se voient proposer un travail en collaboration : scientifique + informaticien, avec une phase initiale d’accompagnement importante (environ 4 à 10 jours), pour atteindre rapidement une relative autonomie dans les développements avec des outils simples. Cette méthodologie de co-développement comprend également un support technique de long terme, avec des rencontres à la demande pour améliorer le simulateur ensemble.

Publication de référence :

Dufour-Kowalski S., Courbaud B., Dreyfus P., Meredieu C., de Coligny F., 2012. Capsis: an open software framework and community for forest growth modelling. Annals of Forest Science (2012) 69:221–233 pdf

Site web du projet (anglais) : http://www.inra.fr/capsis

AMAPstudio

AMAPstudio est une suite logicielle générique pour la modélisation de l’architecture des plantes. Elle contient des applications pour reconstruire, explorer, analyser et étudier la croissance des plantes d’un point de vue architectural.

Elle s’adresse à des scientifiques et étudiants des disciplines botanique et agronomie.

Publication de référence :

Griffon S., de Coligny F. AMAPstudio: an Editing and Simulation Software Suite for Plants Architecture Modelling. Ecological Modelling, in press, online

Site web du projet (anglais) : http://amapstudio.cirad.fr

 

Lien Permanent pour cet article : http://amap-collaboratif.cirad.fr/pages-chercheurs/?page_id=3416