Thèmes DyaFOR, SYSTE, MAGNET
Présentation
Chargée de Recherche IRD (CRCN)
- Biodiversité et Évolution en forêts tropicales
- Histoire et devenir des ressources génétiques forestières
- Déploiement d’approches « -omiques » pour des espèces non-modèles
Membre de la Commission Scientifique Sectorielle n°5 ‘Sciences des données et des modèles‘ de l’IRD (CSS5) depuis Sept 2020
Contact
Bd de la Lironde TA A-51 / PS2, 34398 Montpellier cedex 5, France
email : louise.brousseau[at]ird.fr
Site personnel (anglais): https://louisebrousseau.wixsite.com/louisebrousseau
Activités
- Région géographique : Amazonie (Guyane française, Brésil)
- Thématiques de recherche
- Génomique écologique de l’adaptation (microgéographique et climatique). Modèles d’étude : Eperua sp. (Brousseau et al. 2020.2), Symphonia sp. (Brousseau et al. 2014, Tysklind et al. 2020)
- Génomique historique de la domestication des palmiers d’Amazonie (Brousseau et al. 2020.1). Modèles d’étude : Astrocaryum sp., Oenocarpus sp.
- Programmes scientifiques (coordinatrice)
- ‘PalmOmix’ – Fondation Agropolis (20 k€)
- ‘PEPINO’ – LabEx CEBA (15k€). co-PI : Guillaume Odonne (UMSR LEEISA, Guyane française)
- ‘DOPAMICS‘ déposé à l’appel ‘ERC Starting Grant‘ du Conseil Européen de la Recherche (en attente des résultats de l’étape 2).
- Innovation méthodologique
- Échantillonnage de populations naturelles selon des design originaux (contrastes répliqués)
- Acquisition de données « omiques » (ex. whole-genome shotgun sequencing, capture d’exons) pour des espèces non-modèle, c.a.d sans génome de référence et sans ressources préalables disponibles dans les bases de données publiques (ex. Brousseau et al. 2014, Brousseau et al. 2018, Brousseau et al. 2020.2)
- Calcul haute Performance (HPC): design de sondes de capture d’exons « sur mesure », traitement bioinformatique de données « NGS » issues de séquençages à haut débit (pré-traitement, assemblage de novo, annotation structurelle et fonctionnelle, mapping, SNP- et genotype-calling)
- Estimation de la diversité génétique et histoire évolutive neutre et adaptative des populations naturelles (ex. Audigeos et al. 2013, Piotti et al. 2017, Brousseau et al. 2015)
- Inférence Bayésienne de la divergence génétique et tests de sélection (ex. Brousseau et al. 2013, Brousseau et al. 2016, Brousseau et al. 2020.2)
- Aspects éthiques et règlementaires
- Connaissance approfondie de la règlementation relative à l’Accès aux ressources génétiques naturelles et Partage des Avantages prévus par le protocole de Nagoya
- Rédaction de formulaires Cerfa (Ministère Française de la Transition Écologique et Solidaire) et de « Material Transfer Agreement » avec les établissements partenaires en région inter-tropicale avec l’appui des services juridiques dédiés de l’IRD (comité Nagoya).
Publications
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From the Cover 2020. Brousseau L, Fine P.V.A, Dreyer E, Vendramin GG, Scotti I. Genomic and phenotypic divergence unveil microgeographic adaptation in the Amazonian hyperdominant tree Eperua falcata Aubl. (Fabaceae). Molecular Ecology. (10.1111/mec.15595).
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2020. Brousseau L, Garnier-Géré P, Clément CR. Historical Genomics. In G. Odonne & JF Molino (Ed.), Methods in Historical Ecology : Insights from Amazonia. ().
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2020. Tysklind N, Etienne MP, Scotti-Saintagne C, Tinaut A, Casalis M, Troispoux V, Cazal SO, Brousseau L, Ferry B, Scotti I. Microgeographic local a
daptation and ecotype distributions: the role of selective processes on early life history traits in sympatric, ecologically divergent Symphonia populations. Ecology and Evolution. (10.1002/ece3.6731).
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2018. Brousseau L, Nidelet, S & Streiff R. New WGS data and annotation of the heterosomal vs. autosomal localization of Ostrinia scapulalis (Lepidoptera, Crambidae) nuclear genomic scaffolds. Data in Brief. (10.1016/j.dib.2018.08.011).
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2017. Piotti A, Leonarduzzi C, Postolache D, Bagnoli F, Spanu I, Brousseau L, Urbinati C, Leonardi S, Vendramin GG. Unexpected scenarios from Southern European refugial areas: disentangling complex demographic dynamics along the Apennine distribution of silver fir. Journal of Biogeography. (10.1111/jbi.13011).
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2016. Brousseau L, Postolache D, Lascoux M, Drouzas AD, Källman T, Leonarduzzi C, Liepelt S, Piotti A, Popescu F, Roschanski AM, Zhelev P, Fady B, Vendramin GG. Local adaptation in European firs assessed through extensive sampling across altitudinal gradients in southern Europe. PloS One. (10.1371/journal.pone.0158216).
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2016. Engel J, Brousseau L, Baraloto C. GuiaTreeKey, a multi-access electronic key to identify tree genera in French Guiana. PhytoKeys. (10.3897/phytokeys.68.8707).
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2015. Brousseau L, Foll M, Scotti-Saintagne C, Scotti I. Neutral and adaptive drivers of microgeographic genetic divergence within continuous populations: the case of the Neotropical tree Eperua falcata (Aubl.). PloS One. (10.1371/journal.pone.0121394).
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2014. Brousseau L, Tinaut A, Duret C, Lang T, Garnier-Géré P, Scotti I (2014). High-throughput transcriptome sequencing and preliminary functional analysis in four Neotropical tree species. BMC Genomics. (10.1186/1471-2164-15-238).
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2013. Brousseau L, Bonal D, Cigna J, Scotti I. Highly local environmental variability promotes intra-population divergence of quantitative traits: an example from tropical rainforest trees. Annals of Botany. (10.1093/aob/mct176).
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2013. Audigeos D, Brousseau L, Traissac S, Scotti-Saintagne C, Scotti I. Molecular divergence in tropical tree populations occupying environmental mosaics. Journal of Evolutionary Biology. (10.1111/jeb.12069).
Accès aux ressources génétiques et partage des avantages découlant de leur utilisation (liens et documents utiles)
- Protocole de Nagoya : https://www.cbd.int/abs/
- Access and Benefit-Sharing Clearing-House (ABSCH) : https://absch.cbd.int/en/
- Country profiles : https://www.cbd.int/countries/
- Vidéo IRD « Les Principes de l’APA » (produite par le comité Nagoya de l’IRD)