Bienvenue sur l’ espace Web du thème « Imagerie pour les Plantes et les Paysages » de l’UMR Amap (CIRAD / IRD / INRA / CNRS / UM)
En bref
Contexte
Aujourd’hui, l’utilisation de l’image numérique comme support d’observations, de restitutions et de mesures pour les études menées en Biologie Végétale et en Ecologie se généralise du fait de l’accessibilité grandissante aux systèmes de prises de vue ou de l’utilisation de modèles de simulation réalistes,… : images microscopiques pour la compréhension de la croissance du bois, images aériennes pour l’étude des échanges gazeux entre végétation et atmosphère, reconstructions 3D pour l’appréciation des interactions plante/environnement, etc. Si le contenu et la nature des images dépendent du questionnement scientifique, leur traitement reste relativement « générique » puisqu’il consiste essentiellement à identifier et à caractériser les structures homogènes visibles. L’automatisation de ces traitements permet d’envisager des analyses de grande envergure pour dégager tendances et invariants.
Objectif
Adapter à l’écologie de la plante et du paysage des méthodes de traitement, d’analyse d’image et de visualisation bi ou tridimensionnelles existantes, et lorsque nécessaire en développer de nouvelles, afin de faciliter l’utilisation de ces contenus numériques pour les études appliquées. Ce groupe fait de l’expertise en imagerie et fournit, dans une certaine mesure, des résultats ou/et des outils logiciels spécialisés aidant biologistes et forestiers à répondre à leurs questions scientifiques.
Faisabilité
L’UMR Amap, de par la diversité et la complémentarité de ses études thématiques, est un endroit où l’observation et la mesure multi-échelles à partir d’images numériques d’objets réels ou virtuels est en plein essor. Les chercheurs manipulent des images Rx de bois, des photographies stéréoscopiques d’arbres, des images satellites, aériennes ou Lidar de forêts tropicales, des visualisations 3D d’arbres (et de paysages) saisis, reconstruits ou simulés.
Pertinence
L’UMR Amap regroupe des agents de compétences différentes et complémentaires, permettant d’aborder aussi bien les aspects géo référencement, fusion, traitement, analyse et synthèse d’images d’individus ou de paysages, aux échelles microscopiques, macroscopiques, aériennes ou satellitaires.
Attendus
Ce thème est in fine relativement transversal, et de ce fait naturellement rattaché au champ MIA. Il en adopte donc les « attentes » :
- Une valorisation des méthodes au travers de publications en conférences ou en journaux, tant méthodologiques qu’appliqués.
- La généricité de la réflexion et des approches afin de mieux partager les compétences et les méthodes, et ce quelles que soient la nature, l’échelle et la dimension des images traitées.
- La mutualisation des développements logiciels afin d’aller plus vite dans l’identification et la mise en œuvre des solutions. Les développements sont réalisés sur des environnements open-source permettant de faciliter les phases de test, d’évaluation et de diffusion (par exemple ImageJ, Orféo ToolBox,…).
- La production de résultats numériques et/ou d’outils logiciels finalisés dans des projets appliqués impliquant l’unité sous des formes adaptées mettant en œuvre une expertise avancée ou les développements méthodologiques du groupe.